La Chiesetta venne costruita nel 1723, ad opera della famiglia Comini per adibirla ad uso pubblico. In seguito, nel 1839, assieme a Palazzo Cavalli, la Chiesetta divenne sede della Dogana austriaca, e successivamente all’Unità d’Italia fu utilizzata come magazzino idraulico.
Nel 1893 quando fu acquistato e rimodernato il Mulino, ad opera di Ilario Ercego, la Chiesetta rischiò di venire demolita, venendo infine restaurata nel 1968, come ricorda la lapide affissa sulla facciata.
